东京、神奈川、静冈、长野四地发生了六起杀人案，死者身边皆留有一枚麻将牌。警方认为这一连串的杀人事件是同一凶犯或某个组织所为。松本警视发出号召：“让我们抛掉地域意识和名利之心，赌上警察的威信，共同找到真凶！”日暮警部和各县的警官们聚在一起召开侦破会议，名侦探毛利小五郎也应邀与会，协同破案。
会上列出了三个最大的疑点：
1. 凶犯为什么要把被害人绑架到别处再杀害？
2. 麻将牌是谁留下的？
3. 最后一名死者留下的遗言：“七夕，今……”究竟是什么意思？
会议结束后，柯南发现有个警察钻进了一辆黑色的保时捷。这辆车很眼熟——“是金！”黑衣组织中的人竟然
假扮警察混进了会议！
连续杀人事件是黑衣组织干的么？随着调查的展开，柯南发现黑衣组织的多名成员涉入此事：给警方捣乱的基安蒂和科恩、追踪嫌疑人的贝尔摩德、正策划暗杀要人的金和伏特加，还有神秘人物艾利修。与此同时，有人潜入了帝丹小学和帝丹高中，调查柯南与新一。当柯南察觉组织的阴影已然逼近自己之时，第七桩凶杀案发生了。
七月七日前夕的第七个受害人，黑衣组织设下陷阱，将日本的警察玩弄于股掌之间。
如果让金知道工藤新一变成了江户川柯南还活在世上，那么不光柯南，甚至灰原爱、阿笠博士、小兰都会遇害。然而利用连续谋杀案的机会或许可以将黑暗组织一网打尽！柯南冒险独自展开侦查。
一场宿命的对决拉开了帷幕……